桓玄以为天下无事了，就废安帝自立。然刘牢之虽死，北府兵中人物尚多。404年，刘裕等起兵讨玄，玄遂败死。安帝复位。刘裕入居中央，掌握政权，一时的功臣，都分布州郡，南方的形势一变。 409年，刘裕出兵灭南燕。想要停镇下邳，经营河、洛，而后方又有变故。先是399年，孙恩起兵会稽（今浙江绍兴县），剽掠沿海。后为刘牢之及刘裕所破，入海岛而死。其党卢循袭据广州。桓玄不能讨，用为刺史。卢循又以其妹夫徐道覆为始兴相（今广东曲江县）。刘裕北伐时，卢循、徐
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